Bodrum Deniz Müzesi, ziyarete açıldığı 2011 senesinden beri Cevat Şakir Kabaağaçlı Özel Koleksiyonu’na ev sahipliği yapıyor. Halikarnas Balıkçısı’nın kızı İsmet Kabaağaçlı Noonan tarafından müzeye kazandırılan koleksiyonda Balıkçı’nın kişisel eşyaları, orijinal çizimler ve arşiv malzemesi bulunuyor. Müzenin Halikarnas Balıkçısı arşivi ve koleksiyonu, 2021 yılından itibaren Prof. Şadan Gökovalı başta olmak üzere koleksiyoncular ve Kabaağaçlı ailesi tarafından müzeye bağışlanan eser ve arşiv malzemesiyle genişleyip hali hazırda Halikarnas Balıkçısı’yla ilgili en büyük arşive sahip olan müze olarak Balıkçı’nın mirasını yaşatıyor.
Bodrum Deniz Müzesi, her sene, Halikarnas Balıkçısı’nın doğum (17 Nisan) ve ölüm (13 Ekim) yıldönümlerinde farklı içeriklerle etkinlik programları oluşturuyor, aynı zamanda rutin olarak her eğitim-öğretim yılında İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü destekleriyle gerçekleştirdiği Halikarnas Balıkçısı Okuma Günleri’nde devam ediyor. Bodrum Deniz Müzesi’nin, eğitim ve etkinlik programları dahilinde tasarladığı “Cevat Şakir’in Mürekkepli Mumlu Kazıma Tekniği” atölyeleri ise çocuk, genç ve yetişkinlere hitap ediyor.
Müze çalışmalarıyla, Halikarnas Balıkçısı’nın 50. ölüm yıl dönümünün 2023 UNESCO anma programlarına katılabilmesi için resmi başvuru yapıldı fakat olumlu bir geri bildirim olmadı. Bu girişimle ilgili, Bodrum Deniz Müzesi’nin 2019 yılında hayata geçirdiği Bodrum Deniz Müzesi yayınlarından çıkan “Akdeniz’in Ebedi Genci, Halikarnas Balıkçısı” kitabı bulunuyor.